为更好服务兵团发展，经国务院同意，中国人民银行总行批准，1992年，农行新疆兵团分行正式成立。新疆兵团分行的设立，适应了兵团特殊的地位、职能和体制客观要求，满足了兵团工农建商、公共事业发展以及广大职工群众的金融需求，成为全国唯一一家按照兵团组织架构对应设立、对口提供专业化金融服务的商业银行，也是兵团区域内唯一一家具有完整金融服务体系的金融机构。后根据兵团发展需要，农总行于1997年将兵团分行计划单列，并于2001年升格为一级分行。在自治区和兵团境内，在四大商业银行中，只有农行同时设立了两家一级分行。
近年来，农总行密切关注兵团“向南发展”战略部署和城镇化建设进程，不断优化在兵团新建城市、集中连片垦区以及南疆区域的机构布局，陆续将我行辖属七个直属支行升格为正处级直属支行，将图木舒克、铁门关、双河、奇台垦区及可克达拉网点升格为一级支行；2016年以来，又将阿克苏兵团支行升格为阿拉尔兵团分行，将喀什兵团支行升格为喀什兵团分行。目前，新疆兵团分行设有分行营业部1个，二级分行3个，直属支行6个，一级支行19个，营业网点234个，50%以上基层营业机构处在边疆高寒地区、边境贫困团场；在岗员工4002人（含劳务派遣用工46人），少数民族员工占比9%。
新疆兵团分行以贯彻落实习近平总书记关于新疆社会稳定和长治久安总目标指示精神为第一要务，以治行兴行“六维方略”为引领，始终立足兵团城市和县域两大市场，充分践行国有大型商业银行的责任担当，不断加大兵团实体经济支持力度，全力积极支持兵团经济社会发展，截至2017年8月末，各项贷款余额655亿元，充分发挥了服务兵团“国家队”、“主力军”作用。
