為更好服務兵團發展，經國務院同意，中國人民銀行總行批準，1992年，農行新疆兵團分行正式成立。新疆兵團分行的設立，適應了兵團特殊的地位、職能和體制客觀要求，滿足了兵團工農建商、公共事業發展以及廣大職工群眾的金融需求，成為全國唯一一家按照兵團組織架構對應設立、對口提供專業化金融服務的商業銀行，也是兵團區域內唯一一家具有完整金融服務體系的金融機構。后根據兵團發展需要，農總行于1997年將兵團分行計劃單列，并于2001年升格為一級分行。在自治區和兵團境內，在四大商業銀行中，只有農行同時設立了兩家一級分行。
近年來，農總行密切關注兵團“向南發展”戰略部署和城鎮化建設進程，不斷優化在兵團新建城市、集中連片墾區以及南疆區域的機構布局，陸續將我行轄屬七個直屬支行升格為正處級直屬支行，將圖木舒克、鐵門關、雙河、奇臺墾區及可克達拉網點升格為一級支行；2016年以來，又將阿克蘇兵團支行升格為阿拉爾兵團分行，將喀什兵團支行升格為喀什兵團分行。目前，新疆兵團分行設有分行營業部1個，二級分行3個，直屬支行6個，一級支行19個，營業網點234個，50%以上基層營業機構處在邊疆高寒地區、邊境貧困團場；在崗員工4002人（含勞務派遣用工46人），少數民族員工占比9%。
新疆兵團分行以貫徹落實習近平總書記關于新疆社會穩定和長治久安總目標指示精神為第一要務，以治行興行“六維方略”為引領，始終立足兵團城市和縣域兩大市場，充分踐行國有大型商業銀行的責任擔當，不斷加大兵團實體經濟支持力度，全力積極支持兵團經濟社會發展，截至2017年8月末，各項貸款余額655億元，充分發揮了服務兵團“國家隊”、“主力軍”作用。
